東京地方裁判所 昭和４８年（行ウ）１２２号 判決
原告
医療法人（財団）
健康文化会
右代表者理事
小林健
右訴訟代理人
安達十郎
外一名
被告
東京都板橋都税
事務所長
小宮山信明
右指定代理人
池田良賢
外一名
主文
原告の請求を棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
事実
第一 当事者の申立
一、原告
被告が昭和四七年五月三一日付をもつてした原告の昭和四三年四月一日から昭和四四年三月三一日までの事業年度（以下第一三期という。）の法人税に関する更正処分並びに被告が昭和四七年八月一〇日付をもつてした原告の昭和四五年四月一日から昭和四六年三月三一日までの事業年度（以下第一五期という。）の法人税に関する更正処分（以下右両処分を併せて本件更正処分という。）を取り消す。
訴訟費用は被告の負担とする。
二、被告
主文と同旨
第二 当事者の主張
一、原告の請求原因
1 原告は、病院・診療所を開設している医療法人財団であるが、原告は、昭和四四年五月三一日第一三期の法人事業税について、課税標準を欠損金四、九六〇、一一六円、税額を〇円とする確定申告をし、また、昭和四六年五月三一日第一五期の法人事業税について課税標準を欠損金二、一〇八、二九五円、税額を〇円とする確定申告をしたところ、被告は、第一三期の確定申告に対し昭和四七年五月三一日付をもつて右課税標準を欠損金二、二四〇、七七八円とする更正処分をし、また、第一五期の確定申告に対し昭和四七年八月一〇日付をもつて右課税標準を欠損金四八三、〇〇九円とする更正処分をした。
2 原告は、本件更正処分に対し昭和四七年七月二七日及び同年一〇月九日に東京都知事に対し審査請求をしたが、同知事は、昭和四八年五月三〇日付で右請求をいずれも棄却する裁決をし、その裁決書謄本を同年六月一一日原告に送達してきた。
3 被告の本件更正処分は、地方税法七二条の一四第一項但し書に、健康保険法等の規定に基づく「医療につき支払を受けた金額は、益金の額に算入せず、また、当該給付又は助産若しくは医療に係る経費は、損金の額に算入しない。」と定めてあることを根拠にして、原告の右両事業年度の所得金額の算定につき原告の事業によつて生じた総益金及び総損金を社会保険診療等から生じた益金及び損金とそれ以外の医療保健業としての診療（以下自由診療という。）等から生じた益金及び損金とに区分して計算すべきものと解し、原告の総欠損金額から社会保険分の欠損金額を控除して自由診療等から生じた欠損金額のみを当該事業年度の欠損金額として算出した。すなわち、被告は、原告の第一三期分につき総欠損金額四九、八二二、四六〇円から社会保険分欠損金額四七、五八一、六八二円を控除し、残額二、二四〇、七七八円のみを同期分の欠損金とし、また、第一五期分につき総欠損金額二、一〇八、二九五円から社会保険分の欠損金一、六二五、二八六円を控除し、残額四八三、〇〇九円のみを同期分の欠損金とした。
4 しかしながら、被告の本件更正処分は地方税法七二条の一四第一項但し書の解釈適用を誤つたものであつて違法である。
(一) 地方税法七二条の一四第一項本文は、法人の事業税の課税標準につき「当該各事業年度の法人税の課税標準である所得の計算の例によつて算定する。」と定め、これが法人事業税の課税標準算定の原則となつている。これに対し、同条項但し書の立法趣旨は、社会保険診療報酬の低単価を税制面からカバーして、社会保険診療を保護育成しようとする政策的配慮から、医療にたずさわる法人で社会保険診療により所得（利益）のあつた場合に、その所得を事業税の課税標準から除外することにより、社会保険診療にたずさわる法人の税負担の軽減をはかろうとするものと解される。したがつて、それは具体的な納税者である医療法人に対し右優遇措置を講じようとするものであつて単に抽象的な社会保険診療等の保護育成をはかろうとするものではないのである。けだし、そのように解するのであれば、端的に社会保険診療等の非課税規定を設ければ十分なはずである。例えば、事業税法七二条の四第二項は「道府県は、左の各号に掲げる事業に対しては、事業税を課することができない」と規定している。
(二) 前記法条項の本文と但し書の関係は、本文により医療法人等の全事業の益金と損失とを法の定めるところにしたがつて算出し、その損益を通算して所得を算出するという原則を生かしたうえで、但し書の修正を加えることになるのである。したがつて、医療法人に対しては、その総所得のうち社会保険診療等による所得以外の自由診療による所得に対してのみ事業税が課せられるのであつて、右法条項の但し書の規定は社会保険診療等により所得をあげた医療法人に対してのみその優遇措置として適用され、欠損となつた医療法人に対しては同項本文が適用され、「各事業年度の所得は、各事業年度の益金の額から損金の額を控除した金額による」ものと解すべきである。
右但し書を被告のように解すると、次のような極めて不合理な事態を招来することになる。すなわち、医療法人等の当該事業年度の総所得金額が赤字の場合は、法人税は課税されないのであるが、総所得金額が赤字であつてもそのなかに社会保険診療等による赤字額が含まれている場合は、その赤字額が総所得金額の赤字額から除外されて総所得金額の赤字額は減少し、場合によつては総所得金額が黒字に転じ、法人税は課せられないのに法人事業税のみが課せられるということになる。それでは、医療法人等につき、右但し書の立法趣旨が前記のように事業税に関しては法人税の場合よりさらに税負担軽減の優遇措置を講じようとするにあることとも矛盾して、まことに不合理というべきである。
5 ところで、本件更正処分はいずれも税額を零とするものであつて、その点では原告になんらの損失もないが、地方税法施行令二一条により繰越欠損金の算入が認められているので、本件更正処分により欠損金の減縮がなされると、将来原告が負担すべき税額に影響を及ぼすことが明らかである。
6 以上の次第で、原告の前記各年度分の課税標準となる所得は原告の確定申告書記載の欠損金額が正当であつて、被告の本件更正処分は違法であるからその取消しを求める。（ただし、地方税法七二条の一四第一項の解釈につき被告主張の見解が正当であるときは本件更正処分の数額の点は争わない。）
二、被告の認否と主張
1 請求原因1ないし3の事実は認めるが、同4、5は争う。
2 被告の主張
(一) 法人事業税の課税標準である各事業年度の所得金額（以下これを所得金額という。）は、原則としてその事業年度の法人税の所得金額の計算の例により算定することとされているが（地方税法七二条の一四第一項本文）、医療法人の法人事業税の所得金額の算定においては、社会保険診療等にかかる給付、助産または医療について支払いを受けた金額は総益金に算入せず、またその給付、助産または医療にかかる経費は総損金に算入しないと定められている（同法七二条の一四第一項但し書）。
(二) この同法七二条の一四第一項但し書の立法趣旨は、社会保険診療等の保護育成を図り、また、社会保険診療等にかかる医療報酬の単価が低く決定されていたことの見返りを図ることであると考えられるが、この規定により、医療法人の社会保険診療等にかかる所得は、法人事業税の課税対象から除外されることになる。
よつて、医療法人が社会保険診療等と自由診療との両方を行なつている場合の当該医療法人の所得金額を算定するには、まず同法七二条の一四第一項但し書により、社会保険診療等にかかる所得を除外しなければならない。しかるのちに、同法七二条の一四第一項本文前段により、各事業年度の益金の額から損金の額を減じることにより、所得金額を算定することとなる。
ところで、当該医療法人に医療保健業以外の所得が存しないかぎり、ここでいう益金及び損金は自由診療に基づく益金及び自由診療に基づく損金をさすことになる。
(三) 被告は同法七二条の一四第一項を以上のように解して原告の法人事業税第一三期および第一五期の所得金額（両期とも欠損）を算定し、これに基づき本件処分を行なつたものであり、適法な処分である。
(四) ところで、原告は、訴状請求の原因第4項によれば、医療法人に法人事業税を課税するにあたり、当該医療法人の社会保険診療等に基づく益金が、これにともなう損金よりも多い場合にのみ同法七二条の一四第一項但し書が適用されるものであり、もし社会保険診療等に基づく益金がこれにともなう損金よりも少ない場合、すなわち、欠損金の生じるような場合には、同法七二条の一四第一項本文が適用されるべきであると主張しているもののようである。このような考え方に従えば、社会保険診療等につき欠損金の生じるような医療法人の法人事業税の所得金額は、自由診療等に基づく益金からこれにともなう損金を減じ、さらに、社会保険診療等についての欠損金額を減じた残りの金額ということになる。しかしながら、このような原告の主張は、同法七二条の一四第一項但し書の文言に明らかに反するものである。
よつて、原告の同法七二条の一四第一項についての主張は理由がない。
第三 証拠〈略〉
理由
一請求原因1ないし3の事実は当事者間に争いがない。
二本件の争点は、要するに、地方税法七二条の一四第一項の本文と但し書の解釈をめぐる問題であるが、原告は、医療法人に対する法人事業税の課税にあたり、同法七二条の一四第一項但し書が適用されるのは、当該医療法人の社会保険診療等に基づく益金が損金をこえる場合に限られ、当該法人に社会保険診療等の欠損金が生じた場合には同項本文が適用されるべきであると主張し、被告は、右但し書の趣旨は、社会保険診療等にかかる給付、助産または医療について支払を受けた金額は総益金に算入せず、他方、その経費も総損金に算入されないとの意味であつて、社会保険診療等に欠損金が生じた場合でも同様に解すべきであると主張するので、この点について検討する。
社会保険診療等の保護育成を図るために、医療法人に対しては租税特別措置法六七条一項により、法人税法上の特例として、各事業年度において社会保険診療等にかかる給付、または医療もしくは助産につき支払を受けるべき金額がある場合には、当該事業年度の所得金額の計算上、当該給付または医療もしくは助産にかかる経費として損金の額に算入する金額は、当該支払を受けるべき金額の百分の七二に相当する金額とすることが定められている。
他方、法人事業税の課税標準である各事業年度の所得金額は、原則としてその事業年度の法人税の所得金額の計算の例により算定することと規定されているが（地方税法七二条の一四第一項本文）、さらに、同項但し書により、医療法人の法人事業税の所得金額の算定においては、社会保険診療等にかかる給付、助産または医療について支払を受けた金額は総益金に算入せず、また、その給付、助産または医療にかかる経費は総損金に算入しないものと定められている。
そこで、〈証拠〉を総合して認めることのできる立法当時参議院における政府委員の立法趣旨説明並びに行政実務を参酌しながら右但し書の法意を考えてみるに、これは次のように解するのが相当である。
すなわち、地方税法七二条の一四第一項但し書の趣旨とするところは、社会保険診療等については医療報酬の単価が社会的要請から低くおさえられていることの見返りとして考慮されたものであり、ひいてはこれにより社会保険診療等の保護育成に資することを目的とするものと解される。したがつて、医療法人が社会保険診療等とそれ以外の自由診療との両方を行なつている場合、当該医療法人の所得金額を算定するには、前記但し書の規定を適用して社会保険診療等の経費は損金にみないし、また、支払を受けた金額は利益金とみないことになるので、結局、総所得金額または総欠損金額から社会保険診療等の所得（社会保険診療等の収入金額から社会保険診療等の経費を控除してえた金額）を差し引き、しかるのちに同法七二条の一四第一項本文前段の規定により当該事業年度の益金の額から損金の額を控除してその所得金額を算定すべきこととなる。
もつとも、右但し書の規定をこのように解すると、原告主張のように、医療法人等の当該事業年度の総所得金額が赤字のため法人税は課税されないのに、総所得金額中に社会保険診療等による赤字額が含まれている場合は、その赤字額は総所得金額の赤字額から控除される結果、総所得金額の赤字額が減少し、そのために総所得金額が黒字に転じ、法人事業税が課せられるという事態が生じることも考えられないわけではないが、そのようなことは現行法の解釈上やむをえないことであり、これがために法令上の明文もないのに原告主張のように解釈することは困難であり、証人三浦誠の証言中原告の右主張に添う部分は採用できないし、他に右結論を動かすに足りる資料もない。
三被告の本件更正処分は当裁判所の右見解と同旨の立場から地方税法七二条の一四第一項但し書を適用したものであつて、この解釈を前提とする具体的な計算関係は原告も争わないから、本件更正処分は適法であつて、これにつき原告主張の違法はない。
四よつて、本件更正処分の取消しを求める原告の本件請求は理由がないこと明らかであるからこれを棄却し、訴訟費用の負担につき民事訴訟法八九条を適用して主文のとおり判決する。
（高津環 牧山市治 慶田康男）